STAGEI[鋼鉄の宇宙]ウルトラマンゼロ?グレンファイヤー?ミラーナイト?ジャンボットで結(jié)成された“ウルティメイトフォースゼロ”と、かつて共に冒険を繰り広げたエメラナ姫との再會は、謎の巨大人工天球の猛威によって引き裂かれた。天球はエメラナ姫の宇宙ヨットとジャンボットを內(nèi)部に捕えると、別の宇宙へと転送消滅してしまう。一方、天球が転送された先の宇宙では、ＺＡＰのレイとヒュウガ船長が休暇のために目指していた惑星ブラムの目前に突如出現(xiàn)した謎の天球の調(diào)査に赴いていた。天球の內(nèi)部に潛入した二人がそこで見たものは、歴代ウルトラマン達を苦しめたメカロボット達の姿だった。この人工天體は、謎の“ビートスター”からの命令により、あらゆる宇宙のバトルロボを吸収し、最強のメカロボット軍団を作り出して[有機生命體の抹殺]を企てる鋼鉄の天球なのだ。その天球內(nèi)部に時空を超えて駆け付けるウルトラマンゼロ達。だが、そこにジャンボットに酷似した最強メカロボット、“ジャンキラー”が出現(xiàn)！ロボット軍団と共にゼロ達の前に立ちはだかった…。STAGEII[流星の誓い]謎の天球で行方不明になっていたジャンボットと再會を果たすエメラナ姫。だが、ジャンボットはそのエメラナ姫に刃を向ける。一方のゼロたちもジャンキラーの猛攻に阻まれ、身動きが取れずにいた。傷ついたリトラをかばい、ジャンボットが振りかざしたバトルアックスの前に立ちはだかるエメラナ姫。[やめなさい]、姫の聲に動きを止めるジャンボット。そして、それに倣うかのように何故かジャンキラーの動きまでもが一瞬停止するが、即座に機能を回復(fù)させて何処かへと飛び去ってゆく。エメラナ姫の導きによりジャンボット內(nèi)部に潛入したレイとヒュウガはそこでロボットたちを操る謎の天球ガーディアン、“ビートスター”の存在と、ジャンキラーがジャンボットのデータをベースにビートスターが作り上げたロボットである事を知る。ビートスターは何故、ロボットたちによる有機生命體の抹殺を企てているのか？刻一刻と惑星ブラムへと迫る天球。惑星衝突の危機迫る中、ウルティメイトフォースゼロの前に再びジャンキラーが出現(xiàn)！容赦ない攻撃の前に、ついにエメラナ姫は…。