邪惡的妖怪金、銀和多為了幫助它們的主人上原時雄阻止人類與妖怪成為朋友，從圭太手中偷走了妖怪手表。圭太得到了妖怪風云巖的幫助。風云巖帶著圭太、薇斯珀和地番巖回到了60年前，回到了圭太的祖父圭三兒時發明妖怪手表的時代。兩個男孩聯手對抗上原時雄及其邪惡的妖怪爪牙，拯救世界免于妖怪的邪惡陰謀。