在亞美斯多利斯期間，愛(ài)德華?艾爾利克(樸璐美 飾)和弟弟阿爾方斯(釘宮理恵 飾)遭遇了還有兩個(gè)月就可以刑滿釋放的越獄犯梅爾文(森川智之 飾)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)對(duì)方擁有不輸于艾爾利克兄弟的強(qiáng)大煉金術(shù)。根據(jù)梅爾文在監(jiān)獄留下的蛛絲馬跡，兄弟二人前往西方的大國(guó)古雷達(dá)調(diào)查。在這里他們的火車(chē)遭到神秘黑蝙蝠的襲擊，同時(shí)也遇到了梅爾文尋找的少女茱莉亞?克萊頓(坂本真綾 飾)。一番混亂之后，他們相繼來(lái)到位于地下的貧困之鎮(zhèn)米洛斯。米洛斯是大國(guó)夾縫中的犧牲品，而她的人民也決定利用圣星的利用重新復(fù)興祖國(guó)與民族…… 本片根據(jù)荒川弘的漫畫(huà)原著改編。