30年前，未知的“侵略性外來生物”突然出現，世界曾一度瀕臨毀滅。人類與這些被稱為“侵略種”的生物相互爭奪生存空間。雖然目前人類的安全勉強得到了保障，但世界隨時可能走向終結。人們在恐懼死亡與毀滅的同時，只能對危險和災難視而不見，麻木地過著日常生活。在這樣的世界里，聯合國危險生物調查機構“EXCEEDS”為了抵御“侵略種”帶來的危機與災害，開始了行動。故事的開端位于遠東的島國“瑞穗”。一位在離島上生活、以驅除“侵略種”為業的獵人少女久瀨椎名。她唯一的愿望就是與家中唯一的親人妹妹剎那平靜地生活下去。然而，降臨在椎名身上的事件究竟是？