某日，雙葉幼稚園的孩子們正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然現身，緊接著，一艘巨大的飛船將船屋整個抓了起來，來不及逃跑的風間(真柴摩利 配音)和小新(矢島晶子 配音)等人和飛船一起消失在了空中。 小新的失蹤令美伢(楢橋美紀 配音)和廣志(藤原啟治 配音)感到十分焦急，就在此時，一名代號肌肉(玄田哲章 配音)的男子出現在了兩人的身邊，很顯然，肌肉知道小新的下落和整件事情的來龍去脈，但肌肉并不愿意帶著美伢和廣志去尋找小新。追尋著細微的線索，美伢和廣志得知小新身在香港，兩人前往香港，在那里又遇見了肌肉，一行人前往神秘組織“豬蹄組”的老巢。