20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは體育館で自分の名を呼ぶ巨大な[魔神]の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、[魔神]とともに[見知らぬ女性]の聲が聞こえたとき、ヤマトは聲に歩み寄ってしまう。 ヤマトが[魔神]によって運ばれた先は1萬年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を[マジンガーが選んだ救世主]と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニ