22世紀末，被人類稱作“加米拉斯”的不明外星生物盤踞火星，并持續向地球發射帶有強烈放射性物質的游星炸彈，致使地球人死傷無數，瀕臨滅絕，被迫轉到地下求生。在這緊要關頭，人類組成宇宙艦隊遠征火星，結果幾乎全軍覆沒，僥幸逃回的大和號成為人類最后的希望。與此同時，一個神秘裝置穿越萬里銀河墜落地球，經檢測發現該裝置竟然能消除放射性物質。為了從裝置的主人麥哲倫星云伊斯坎達爾星的高智慧生物那里尋求幫助，人類決定孤注一擲，派遣大和號進行這次遠征。火星之戰中失去哥哥的原宇宙艦隊成員古代進(木村拓哉 飾)應召歸隊，和一眾好友成為了見證偉大歷史時刻的一員。而得知人類動向的加米拉斯也發起了一波波的致命攻擊…… 本片根據松本零士的同名原著改編。